Profesor Hershel Layton zmizol a je na jeho dcére Katrielle - chytrej a energickej mladej dámy s talentom odhaľovania pravdy napriek mizerným dôkazom. Naprieč jej úsilím nájsť jej otca jej pomôže množstvo postáv, vrátane mladého študenta s menom Ernest Greeves, ktorý vystupuje ako jej asistent a Sherl, rozprávajúci pes, ktorý začína... .