Tri roky po udalostiach v hre God Eater: Resurrection mysteriózny červený dážď vyvolá smrteľnú pandémiu nazývanú čierny mor. Bez zisteného lieku má táto pohroma stopercentnú úmrtnosť po infekcii. Členovia špeciálnej jednotky "Blood", pobočky organizácie Fenrir, sú vyslaní asistovať a skúmať. Zmocnite sa kontroly nad ich najnovším členom, pri tom ako... .